第二種處理法：
水洗法口感較乾淨
除了日曬法，水洗法是處理咖啡豆最常見的方法之一，約佔全球咖啡產量70%。此方法由荷蘭人於18世紀發明，主要原因是部分咖啡產地在咖啡豆收成期後經常下雨，以致無法利用陽光進行日曬，於是便有人想出利用水洗法來處理咖啡豆。
水洗法過程較日曬法複雜，而且要利用大量清水。首先將從樹上採收下來的咖啡櫻桃，用去果皮機將大部分果肉與咖啡豆分離，然後將咖啡豆放入裝滿水的發酵槽內進行發酵，並將果膠溶解。然後利用大量清水沖洗咖啡豆表面的雜質；再將咖啡豆曬乾或烘乾，將咖啡豆的水份含量降至大約10%。最後用脫殼機把內果皮和銀皮清除便完成。此方法常用於缺乏陽光，難以進行日曬法的地區，例如瓜地馬拉和哥倫比亞等。
經水洗處理的咖啡豆，外觀上最大特色是呈偏綠色，豆相美觀完整，而由於在發酵過程比較容易控制，因此風味不像日曬豆般有雜味，而是呈現乾淨（沒有負面風味的存在）的特質，同時也削弱了咖啡風味的豐富感，果酸亦較為明顯。
咖啡豆的處理方法除了日曬和水洗法，還有半洗水法和蜜處理法等，各種處理方法能讓咖啡豆呈現不同風味，並沒有一定說哪一種比較好，只要揀啱適合你的風味便可。
常用水洗法咖啡豆：藍山、瓜地馬拉、哥倫比亞、柯納、肯亞、爪哇和巴拿馬
風味：口感乾淨、清爽明亮，酸度較為強烈。